BIOINFORMATICA
BIOINFORMATICS
A.A. | CFU |
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2020/2021 | 8 |
Docente | Ricevimento studentesse e studenti | |
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Annamaria Ruzzo | Su appuntamento |
Didattica in lingue straniere |
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Insegnamento con materiali opzionali in lingua straniera
Inglese
La didattica è svolta interamente in lingua italiana. I materiali di studio e l'esame possono essere in lingua straniera. |
Assegnato al Corso di Studio
Giorno | Orario | Aula |
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Giorno | Orario | Aula |
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Obiettivi Formativi
Il corso ha l'obiettivo di fornire informazioni e strumenti per risolvere i problemi più classici della Bioinformatica quali la consultazione delle banche reperibili sul web, l'allineamento delle sequenze, l'evoluzione molecolare, l'identificazione e la ricerca di pattern funzionali, la predizione della struttura proteica e capacità basilari per analizzare i genomi e decifrare l'informazione in essi contenuta. Il corso si prefigge di far familiarizzare lo studente con le soluzioni informatiche correntemente usate valutandone potenzialità e limiti partendo da problemi biologici.
Programma
Il Corso affronterà a veri livelli i seguenti argomenti:
Concetti e principi della bioinformatica
I dati
L’era post-genomica
Le banche dati di acidi nucleici, proteiche, strutture
Le banche dati derivate
L’integrazione delle banche dati
La qualità dei dati
La rappresentazione dei dati
L’architettura delle proteine
L’analisi di sequenze genomiche: Concetti e principi
Il sequenziamento di un genoma
La ricerca dei geni
Metodi statistici per la ricerca di geni
Le reti neurali artificiali
Hidden Markov Model
La genomica comparata
L’evoluzione delle proteine: Concetti e principi
L’evoluzione molecolare
Allineamento di due sequenze simili
Matrici di similarità
Le matrici PAM e BLOSUM
La penalizzazione di inserzioni e delezioni
L’algoritmo di allineamento
Allineamenti multipli
Aggiungere sequenze a un allineamento preesistente
Alberi filogenetici
La ricerca in banche dati per similarità: Concetti e principi
I metodi FASTA e BLAST
Ricerche con profili: PSI-BLAST
L’analisi di una sequenza amminoacidica: Concetti e principi
Ricerca di pattern di sequenza
La struttura secondaria
struttura terziaria cenni
La predizione di struttura secondaria
Gli stadi della procedura di modelling per omologia
Allineamento di sequenze e sua affidabilità
I loop
Modelling delle catene laterali
Ottimizzazione del modello
Accuratezza di un modello per omologia
Modelli costruiti manualmente e automaticamente
I metodi di riconoscimento di fold
I metodi basati su profili
Metodi di threading
La libreria di fold
Risultati di Apprendimento (Descrittori di Dublino)
Gli studenti dovranno acquisire le seguenti capacità:
1- conoscere e discutere gli argomenti trattati a lezione
2- dimostrare di sapere risolvere problemi inerenti alla ricerca dei dati biologici dalle principali banche dati biologiche e saper impostare esperimenti di biologia molecolare in funzione dei dati acquisiti
3- saper ricercare la letteratura recente su argomenti medico/biologici e incrociarla con i dati delle banchedati biologiche
4- presentare alla prova orale gli argomenti del corso attraverso l'elaborato scritto (tesina) dove viene simulata una ricerca di biochimica computazionale scelta dallo studente
Materiale Didattico
Il materiale didattico predisposto dalla/dal docente in aggiunta ai testi consigliati (come ad esempio diapositive, dispense, esercizi, bibliografia) e le comunicazioni della/del docente specifiche per l'insegnamento sono reperibili all'interno della piattaforma Moodle › blended.uniurb.it
Attività di Supporto
Il corso prevede esercitazioni in aula con PC sia per il reperimento di dati biologici sia per l'utilizzo di programmi che permettono allineamento delle sequenze nucleotidiche e aminoacidiche, scelta primers di amplificazione, analisi delle strutture proteiche.
Modalità Didattiche, Obblighi, Testi di Studio e Modalità di Accertamento
- Modalità didattiche
Lezioni frontali ed esercitazioni su PC
- Obblighi
no
- Testi di studio
BIOINFORMATICA -Dalla sequenza alla struttura delle proteine - S.Pascarella e A.Paiardini - Zanichelli (2010)
FONDAMENTI DI BIOINFORMATICA - Manuela Helmer Citterich, Fabrizio Ferrè, Giulio Pavesi, Graziano Pesole, Chiara Romualdi (2018)
- Modalità di
accertamento Prova orale accompagnata da un elaborato (tesina) dove viene simulata una ricerca nella quale buona parte degli argomenti del corso verranno affrontati da un punto di vista pratico
- Disabilità e DSA
Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.
A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.
Informazioni aggiuntive per studentesse e studenti non Frequentanti
- Testi di studio
BIOINFORMATICA -Dalla sequenza alla struttura delle proteine - S.Pascarella e A.Paiardini - Zanichelli (2010)
FONDAMENTI DI BIOINFORMATICA - Manuela Helmer Citterich, Fabrizio Ferrè, Giulio Pavesi, Graziano Pesole, Chiara Romualdi (2018)
- Modalità di
accertamento Prova orale accompagnata da un elaborato (tesina) dove viene simulata una ricerca nella quale buona parte degli argomenti del corso verranno affrontati da un punto di vista pratico
- Disabilità e DSA
Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.
A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.
« torna indietro | Ultimo aggiornamento: 02/11/2020 |