BIOCHIMICA COMPUTAZIONALE
| A.A. | CFU |
|---|---|
| 2014/2015 | 6 |
| Docente | Ricevimento studenti | |
|---|---|---|
| Annamaria Ruzzo | da concordare su richiesta |
Assegnato al Corso di Studio
| Giorno | Orario | Aula |
|---|
Obiettivi Formativi
IT
Il corso ha l'obiettivo di fornire informazioni e strumenti per risolvere i problemi più classici della bioinformatica quali la consultazione delle banche reperibili sul web, l'allineamento delle sequenze, l'evoluzione molecolare, l'identificazione e la ricerca di pattern funzionali, la predizione della struttura proteica e capacità basilari per analizzare i genomi e decifrare l'informazione in essi contenuta. Il corso si prefigge di far familiarizzare lo studente con le soluzioni informatiche correntemente usate valutandone potenzialità e limiti partendo da problemi biologici.
EN
the course will introduce students to the broad scope of bioinformatics, discuss the theory and practice of computational methods, and demonstrate the basic programming tools used in the field of genomics.
The student will receive an introduction and historical perspective to the field of bioinformatics, will learn some key methods and tools used in bioinformatics.
The aim is also to acquire the vocabulary to communicate with others who use these tools
Programma
Concetti e principi
I dati
L’era post-genomica
Le banche dati di acidi nucleici
Le banche dati di proteine
Le banche dati di struttura
Le banche dati derivate
L’integrazione delle banche dati
La qualità dei dati
La rappresentazione dei dati
L’architettura delle proteine
L’analisi di sequenze genomiche
Concetti e principi
Il sequenziamento di un genoma
La ricerca dei geni
Metodi statistici per la ricerca di geni
Matrici di punteggio sito-specifiche
Le reti neurali artificiali
Markov Model e Hidden Markov Model
Livelli di affidabilità
La genomica comparata
L’evoluzione delle proteine
Concetti e principi
L’evoluzione molecolare
Allineamento di due sequenze simili
Matrici di similarità
Le matrici PAM
Le matrici BLOSUM
La penalizzazione di inserzioni e delezioni
L’algoritmo di allineamento
Allineamenti multipli
Aggiungere sequenze a un allineamento preesistente
Alberi filogenetici
La ricerca in banche dati per similarità
Concetti e principi
I metodi
FASTA
BLAST
Ricerche con profili
PSI-BLAST
L’analisi di una sequenza amminoacidica
Concetti e principi
Ricerca di pattern di sequenza
Calcolo di proprietà
Struttura secondaria
La predizione della struttura tridimensionale di una proteina
Concetti e principi
L’esperimento CASP
La predizione di struttura secondaria
La predizione di contatti a lungo raggio
La predizione di complessi molecolari: il docking
Gli stadi della procedura di modelling per omologia
Selezione della proteina templato
Allineamento di sequenze e sua affidabilità
I loop
Modelling delle catene laterali
Ottimizzazione del modello
Accuratezza di un modello per omologia
Modelli costruiti manualmente e automaticamente
I metodi di riconoscimento di fold
I metodi basati su profili
Metodi di threading
La libreria di fold
Calcoli energetici
La valutazione dell’energia di una proteina
La minimizzazione dell’energia
La dinamica molecolare
Il Metodo Monte Carlo
Gli algoritmi genetici
Metodologie combinate
La trascrittomica 123
La proteomica 126
La genomica strutturale 127
Il farmacogenoma 128
Attività di Supporto
Il corso prevede esercitazioni in aula con PC
Modalità Didattiche, Obblighi, Testi di Studio e Modalità di Accertamento
- Testi di studio
BIOINFORMATICA -Dalla sequenza alla struttura delle proteine - S.Pascarella e A.Paiardini - Zanichelli
- Modalità di
accertamento esame orale con tesina da consegnare 7 giorni prima della data dell'esame
- Disabilità e DSA
Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.
A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.
Informazioni Aggiuntive per Studenti Non Frequentanti
- Testi di studio
BIOINFORMATICA -Dalla sequenza alla struttura delle proteine - S.Pascarella e A.Paiardini - Zanichelli
- Modalità di
accertamento esame orale con tesina da consegnare 7 giorni prima della data dell'esame
- Disabilità e DSA
Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.
A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.
Note
per chiarimenti sulla tesina contattare il docente
| « torna indietro | Ultimo aggiornamento: 08/05/2015 |
