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PROTEOMICA
PROTEOMICS

A.A. CFU
2016/2017 8
Docente Email Ricevimento studenti
Michele Menotta 10-16 Via Saffi 2 su appuntamento concordato tramite e-mail
Didattica in lingue straniere
Insegnamento con materiali opzionali in lingua straniera Inglese
La didattica è svolta interamente in lingua italiana. I materiali di studio e l'esame possono essere in lingua straniera.

Assegnato al Corso di Studio

Biologia molecolare, sanitaria e della nutrizione (LM-6)
Curriculum: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI
Giorno Orario Aula

Obiettivi Formativi

Il corso si propone di guidare lo studente in un percorso che parte dalle nozioni base della chimica delle proteine per arrivare alle loro più ampie e recenti applicazioni nello studio globale delle proteine espresse in specifiche condizioni o delle interazioni proteina-macromolecole al fine di definire il ruolo funzionale di una proteina nel contesto biologico di appartenenza. Durante il corso gli studenti acquisiranno nozioni sulle principali tecniche analitiche e preparative impiegate in studi di proteomica e competenze teoriche per l'identificazione e la quantificazione di proteine, delle modifiche post-traduzionali, del loro interattoma e del ruolo funzionale della stesse in reti complesse.

Programma

Introduzione alla proteomica

Biochimica delle proteine. Idrodinamica delle proteine. Reattività dei gruppi funzionali delle proteine. Modifiche post-traduzionali (PTM) e loro reattività.

Metodi di estrazione delle proteine e preparazione del campione Metodi di estrazione. Metodi per la quantificazione delle proteine. Frazionamento proteico e cellulare

Metodi cromatografici Principi della cromatografia. Tecniche cromatografiche: cromatografia ad esclusione molecolare, cromatografia d’interazione idrofobica, cromatografia in fase inversa, cromatografia a scambio ionico, cromatografia di affinità. Sistemi HPLC e FPLC. Gas cromatografia.

Proteomica basata sulle analisi elettroforetiche Principi generali. Elettroforesi su gel di poliacrilamide (PAGE): native e SDS-PAGE, Focalizzazione isoelettrica (IEF). Elettroforesi capillare (CE). Elettroforesi bidimensionale (2D PAGE). Tecniche di colorazione e quantificazione. Spot picking e processamento. Western blotting.

Spettrometria di massa Concetti base della spettrometria di massa. Metodi di ionizzazione. Analizzatori di massa appaiamenti strumentali.

Identificazione delle proteine mediante metodi classici e MS Degradazione di Edman. Concetti base del tandem mass spectrometry. CID – Collision induced dissociation. ETD ed ECD. Sequenziamento delle proteine mediante MS. Peptide Mass Fingerprinting

Tools bio-informatici per l’identificazione delle proteine

Distribuzione topografica delle proteine: MALDI imaging

Metodi per l’analisi delle modifiche post-traduzionali delle proteine Metodiche per l’analisi delle PTM. Red-ox proteomics.

Proteomica “gel free” o “shot gun” Introduzione alle tecniche quantitative. Cromatografia multidimensionale. MuDPIT. 18O, SILAC, ICAT, iTRAQ.

Approcci proteomici per lo studio di interazioni proteina –macromolecole e proteina-ligandi. Co-IP, TAP. Protein Array Analysis. Surface Plasmon Resonance. BRET and FRET. F/D AFM e nano-sensori. Y2H e three-component systems . EMSA. TF array. Chip e Chip-Seq. Membrane extraction. Proximity ligation assay. Saggi di complementazione.

Metodi per la produzione e la caratterizzazione di proteine ricombinanti. 

Cenni di Metabolomica

Functional networks

Risultati di Apprendimento (Descrittori di Dublino)

Al termine del corso lo studente dovrà dimostrare di essere autonomamente in grado poter risolvere qualsiasi problematica inerente la biochimica delle proteine. Non solo è richiesta la conoscienza delle tecniche descritte nel corso ma anche dei principi fisici-chimici inerenti l'utilizzo delle metodiche stesse (descritti durante il corso). Lo studente dovrà mostrare il possesso della capacità di usare conoscenze e concetti che consentano di ragionare secondo la specifica logica della disciplina in maniera autonoma.

Materiale Didattico

Il materiale didattico predisposto dal docente in aggiunta ai testi consigliati (come ad esempio diapositive, dispense, esercizi, bibliografia) e le comunicazioni del docente specifiche per l'insegnamento sono reperibili all'interno della piattaforma Moodle › blended.uniurb.it

Attività di Supporto

n/a


Modalità Didattiche, Obblighi, Testi di Studio e Modalità di Accertamento

Modalità didattiche

Lezione frontale

Obblighi

Facoltativa ma è vivamente  consigliata.

Testi di studio

Non esiste un testo unico per tutti gli argomenti trattati. Ad ogni modo  la complementazione dei seguenti testi è sufficiente:

  • Principles of Proteomics by Richard M. Twyman
  • Introducing Proteomics: From Concepts to Sample Separation, Mass Spectrometry and Data Analysis by Josip Lovric
  • Introduction to Proteomics: Tools for the New Biology by Daniel C. Liebler
  • Principles and Techniques of Practical Biochemistry  by Keith Wilson and John Walker
  • Modalità di
    accertamento

    Esame finale orale e/o scritto

    Informazioni Aggiuntive per Studenti Non Frequentanti

    Modalità didattiche

    Lezione frontale

    Obblighi

    Facoltativa ma è vivamente  consigliata.

    Testi di studio

    Non esiste un testo unico per tutti gli argomenti trattati. Ad ogni modo  la complementazione dei seguenti testi è sufficiente:

  • Principles of Proteomics by Richard M. Twyman
  • Introducing Proteomics: From Concepts to Sample Separation, Mass Spectrometry and Data Analysis by Josip Lovric
  • Introduction to Proteomics: Tools for the New Biology by Daniel C. Liebler
  • Principles and Techniques of Practical Biochemistry  by Keith Wilson and John Walker
  • Modalità di
    accertamento

    Esame finale orale e/o scritto

    « torna indietro Ultimo aggiornamento: 31/08/16


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