Il corso si propone di fornire le conoscenze fondamentali teoriche e le competenze pratiche delle tecniche per la diagnostica virologica e microbiologica. Le lezioni in aula forniranno una overview essenziale degli aspetti della Microbiologia e Virologia per acquisire le conoscenze fondamentali sulle metodiche sia convenzionali che molecolari utilizzate nella diagnosi delle principali infezioni umane sostenute da microrganismi. Durante le lezioni di laboratorio saranno messe in pratica diverse strategie di ricerca in diagnostica molecolare per la rilevazione quali/quantitativa  (soprattutto tramite, real-time PCR quantitativa, Multiplex real time PCR, con uso di curve standard e controlli di processo) di sequenze di acidi nucleici di alcuni virus di interesse umano (HIV-1, SARS-CoV-2, virus influenzali, RSV, HPV),  utilizzando kit CE/IVD o  metodiche sviluppate ed ottimizzate in laboratorio, o attraverso saggi che permettono di eseguire diagnosi qualitative differenziali per la ricerca ddei virus nei campioni d’interesse. Relativamente alle indagini sierologiche, sarà eseguita lezione frontale specifica e relativa attività di laboratorio volta alla ricerca di anticorpi (prevalentemente test ELISA con metodica diretta o indiretta) in campioni (sieri) di soggetti vaccinati per COVID-19 o con infezione recente e non. Contestualmente il corso fornisce agli studenti la conoscenza dei principi su cui si basa l’interpretazione dei risultati di un’analisi microbiologica, ed eventuale analisi statistica

Contenuti dell'insegnamento (lezioni frontali):

Definizione e obiettivi della Microbiologia Diagnostica. Laboratorio di microbiologia. Fasi preanalitica e analitica in diagnostica microbiologica. Microrganismi patogeni e "commensali": breve generalità e particolare attenzione a contaminazioni microbiche durante il prelievo del campione: test diagnostici falsi negativi/positivi.  Diagnosi di laboratorio di infezione: principi generali; diagnosi diretta e indiretta; scelta, prelievo e trasporto dei materiali clinici da esaminare; diagnosi in relazione alla sede di infezione e al materiale clinico in esame (sangue, liquor, urina, espettorato, ecc.). Tecniche di base e avanzate  per la dimostrazione della presenza e l’isolamento di agenti microbici (virus, batteri). Principi e tecniche per la diagnosi molecolare di infezione. Formati analitici e automazione nel laboratorio di microbiologia. Principi e tecniche per la determinazione in vitro della sensibilità dei microrganismi agli antimicrobici. Reazioni e tecniche di sierologia diagnostica.

Esercitazioni di laboratorio:
1) Diagnostica qualitativa  Diretta (ricerca acidi nucleici del patogeno): test molecolare per la ricerca del virus SARS-CoV-2 o altri virus respiratori in tampone oro-faringeo/SALIVA. Flusso di lavoro: lettura e comprensione protocollo del test; estrazione RNA dal campione; allestimento real time PCR (o multiplex PCR); analisi dei risultati; compilazione questionario.

2) Diagnostica qualitativa (semi-quantitativa) Indiretta (rilevazione della risposta immunitaria all'infezione): enzymatic assay ELISA test per la determinazione degli anticorpi IgG nei sieri di campioni di soggetti con infezione pregressa o vaccinati con vaccino anti COVID 19 di diverse tipologie: vaccino su base adenovirale (vaccinazione omologa), vaccino a RNA (vaccinazione omologa), vaccino eterologo. Flusso di lavoro:  scelta del siero; preparazione campione; allestimento reazione in modalità semi-automatica (washer automatico + lettore di piastre); analisi dei risultati; compilazione questionario.

3) Diagnostica di ricerca qualitativa e semi-quantitativa  Diretta (ricerca acidi nucleici del patogeno, test sviluppato "home made"): test molecolare per la ricerca del papilloma virus in campioni cellulari (simulazione di un campione reale)(HPV negativi e HPV positivi): Flusso di lavoro: lettura e comprensione protocollo del test; estrazione del DNA dal campione; dosaggio DNA con nanospettrofotometro (nanovue), allestimento real time PCR con campioni e preparazione curva standard per quantificare il numero di copie diHPV 16; analisi dei risultati; compilazione questionario.

4) Diagnostica di ricerca quantitativa  Diretta (ricerca acidi nucleici del patogeno, test sviluppato "home made"): test molecolare per la ricerca del DNA del virus HIV-1 nelle cellule di sangue periferico di soggetti in terapia antivirale. Flusso di lavoro: lettura e comprensione protocollo del test; allestimento real time PCR con campioni e preparazione curva standard; normalizzazione dei risultati del carico virale vs il numero di cellule calcolate tramite quantificazione di un single copy gene e quantificazione con curva standard; analisi dei risultati; compilazione questionario.

 Conoscenza di base di microbiologia e virologia generale.

Conoscenza e capacità di comprensione - Gli studenti dovranno dimostrare di avere acquisito le conoscenze teorico-pratiche delle Procedure metodologiche e strumentali per l’identificazione di agenti eziologici e  per la diagnosi d’infezione nell’uomo.

Capacità di applicare conoscenza e comprensione - Gli studenti dovranno dimostrare di avere padronanza delle metodologie trattate durante il corso e di sviluppare e mettere in pratica un corretto disegno sperimentale e/o approccio per la diagnosi d’ infezione.

Autonomia di giudizio - Gli studenti dovranno essere in grado di elaborare autonomamente i risultati ottenuti nella fase sperimentale diagnostica sulla base delle conoscenze acquisite con le lezioni frontali.

Abilità comunicative - Lo studente dovrà acquisire una proprietà di linguaggio scientifico adeguata e la capacità di spiegare in maniera esaustiva le conoscenze acquisite nonché di sapersi interfacciare con la realtà professionale future (ricercatori, studenti, operatorio sanitari).

Capacità d’apprendimento - Gli studenti dovranno dimostrare di avere la capacità di reperire autonomamente le pubblicazioni scientifiche inerenti al corso, e la capacità di partecipare, utilizzando le conoscenze acquisite nel corso, alle iniziative di aggiornamento continuo nell’ambito professionale.

Il materiale didattico predisposto dalla/dal docente in aggiunta ai testi consigliati (come ad esempio diapositive, dispense, esercizi, bibliografia) e le comunicazioni della/del docente specifiche per l'insegnamento sono reperibili all'interno della piattaforma Moodle › blended.uniurb.it

Saranno resi disponibili i files delle lezioni sul sito ufficiale uniurb "blended learning"

Modalità didattiche

Lezioni frontali ed esercitazioni di laboratorio

Didattica innovativa

CLIl. Apprendimento integrato di lingua e contenuto: agli studenti sarà fornito materiale (articoli scientici, etc.) in lingua inglese. In laboratorio gli studenti  avranno i protocolli di lavoro  in lingua inglese, e si leggeranno e si analizzeranno le procedure durante la fase sperimentale.

Learning by doing: nelle attività di laboratorio gli studenti saranno impegnati a programmare, allestire ed eseguire gli esperimenti seguendo il protocollo che gli è stato fornito.

Problem-based learning. Apprendimento basato sui problemi in piccoli gruppi: nelle attività di laboratorio e nell'effettuazione degli esperimenti per il raggiungimento dell'obiettivo finale, gli errori nelle procedure saranno segnalate dagli studenti e saranno discusse le risoluzioni migliori per procedere nello studio sperimentale. 

Flipped Learning. L’apprendimento capovolto nell’insegnamento accademico: nelle attività di laboratorio, i protocolli di lavoro, i metodi da adottare, saranno forniti in anticipo agli studenti, i quali possono visionarli a casa prima di discuterne ed effettuare gli esperimenti in laboratorio.

Debate: Come adottare il dibattito regolamentato in Università. Relativamente alla parte che prevede le attività di laboratorio, in classe, si organizzerà il progetto, si effettueranno gli esperimenti e saranno eseguite le analisi e la discussione dei dati ottenuti. 

Obblighi

Nessuno ma consigliata la frequenza alle esperienze di laboratorio

Testi di studio

Testi di studio

• E.Lanciotti. Microbiologia clinica (quinta edizione). Casa Editrice Ambrosiana.
• J.K. Struthers. Microbiologia clinica (seconda edizione). Edra s.p.a.
• M.L. Turgeon. Medicina nel Laboratorio. Edra s.p.a.
• G. Antonelli, M. Clementi, G. Pozzi, G.M. Rossolini. Microbiologia medica (terza edizione). Casa Editrice Ambrosiana.
• I files delle lezioni e alcune reviews pubblicate su riviste scientifiche internazionali saranno resi disponibili online (piattaforma moodle).

Modalità di
accertamento

La valutazione dell'apprendimento prevede una prova scritta, composto da test a risposta multipla e domande (aperte) relative ad argomenti trattati durante le lezioni e le esercitazioni di laboratorio da analizzare con una breve descrizione o con risposte più elaborate.

La prova scritta verrà valutata con un voto in trentesimi.

Disabilità e DSA

Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.

A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.

Modalità didattiche

Lezioni frontali ed esercitazioni di laboratorio

Obblighi

Nessuno ma consigliata la frequenza alle esperienze di laboratorio

Testi di studio

Testi di studio

• E.Lanciotti. Microbiologia clinica (quinta edizione). Casa Editrice Ambrosiana.
• J.K. Struthers. Microbiologia clinica (seconda edizione). Edra s.p.a.
• M.L. Turgeon. Medicina nel Laboratorio. Edra s.p.a.
• G. Antonelli, M. Clementi, G. Pozzi, G.M. Rossolini. Microbiologia medica (terza edizione). Casa Editrice Ambrosiana.
• I files delle lezioni e alcune reviews pubblicate su riviste scientifiche internazionali saranno resi disponibili online (piattaforma moodle).

Modalità di
accertamento

La valutazione dell'apprendimento prevede una prova scritta, ovvero un test a risposta multipla e domande (aperte) relative ad argomenti trattati durante le lezioni e le esercitazioni di laboratorio da analizzare con una breve descrizione o con risposte più elaborate.

La prova scritta verrà valutata con un voto in trentesimi.

Disabilità e DSA

Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.

A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.