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BIOINFORMATICA

A.A. CFU
2010/2011 8 (6+2)
Docente Email Ricevimento studenti
Alessandro Bogliolo

Assegnato al Corso di Studio

Giorno Orario Aula

Obiettivi Formativi

Introdurre i principi della bioinformatica analizzando il legame tra scienze biologiche e informatica. Fornire una panoramica dei campi di applicazione e dei principali strumenti di biologia computazionale e delle tecniche di elaborazione ispirate alla biologia. Presentare e descrivere i principali algoritmi utilizzati per risolvere problemi di biologia molecolare. Esemplificare il funzionamento delle principali categorie di strumenti informatici utilizzati in questo campo.

Programma

1. Introduzione
1.1 Confronto tra sistemi di calcolo e sistemi biologici
1.2 Biologia computazionale
1.3 Sistemi di elaborazione ispirati alla biologia

2. Basi teoriche
2.1 Basi minime di biologia molecolare (per informatici)
2.2 Basi minime di teoria dell'informazione (per biologi)
2.3 Basi minime di teoria della probabilita'

3. Allineamento di sequenze
3.1 Formulazione del problema
3.2 Verosimiglianza e punteggi
3.3 Allineamento con programmazione dinamica
3.4 Algoritmi di allineamento per applicazioni speciali
3.5 Algoritmi di allineamento euristici
3.6 Laboratorio: allineamento a coppie con BioEdit

4. Allineamento multiplo
4.1 Formulazione del problema e soluzioni
4.2 Laboratorio: allineamento multiplo con BioEdit

5. Analisi filogenetica
5.1 Costruzione di un albero filogenetico
5.2 Laboratorio: alberi filogenetici con BioEdit

6. Progetto di primer
6.1 Algoritmi e tool per la sintesi di primer per sequenziamento e PCR
6.2 Laboratorio: Oligo

7. Sequenziamento di biomolecole
7.1 Sequenziamento e basecalling
7.2 Strategie per il sequenziamento del genoma

8. Microarray
8.1 Uso e analisi di microarray
8.2 Laboratorio: GenePix

Modalità Didattiche, Obblighi, Testi di Studio e Modalità di Accertamento

Modalità didattiche

Lezioni frontali in aula e in laboratorio informatico.

Testi di studio

A. M. Lesk, "Introduzione alla bioinformatica", McGraw-Hill, 2004.

Per approfondimento:

R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, and G. Mitchison, "Biological sequence analysis", Cambridge Press, 1998.

Modalità di
accertamento

Prova scritta, progetto individuale e presentazione orale del progetto.

La prova scritta puo' essere sostenuta anche prima di aver presentato la relazione del progetto individuale.

« torna indietro Ultimo aggiornamento: 31/10/2010


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